A Unidade de Auditoria Interna do IFS é subordinada funcionalmente ao Conselho Superior do IFS, conforme disposto no § 3º do art. 15 do Decreto nº 3.591 de 06 de setembro de 2000 e vinculada administrativamente à Reitoria, conforme preceitua o art. 5º do Regimento Interno da Auditoria Interna, aprovado pela Resolução nº 29/2015 – Conselho Superior